Do Minecraftu lze přidat různé modifikace. Jsou hlavně pro ty hráče, které už klasický Minecraft přestal bavit.
Mohou si tak přidat spoustu věcí od různých maličkostí až po možnost komplexního těžícího, farmářského a třídícího systému.
Přidávají stovky nových mobů, systémy questů, nové dimenze a jiné. Neexistuje žádná jiná hra, na kterou by bylo takové množství modifikací, jako právě Minecraft.
V současnosti existuje přes 100 000 módů, které si lze do hry přidat. Existují i skupiny lidí, které vyvíjejí komplexní balíky i několika stovek módů.
Tyto tzv. modpacky jsou někdy extrémně hardwarově náročné a dohrání může vyžadovat i několik tisíc hodin.
Módy nejsou přímo podporovány Mojangem, takže je třeba mít nainstalovaný pomocný software (kupř. Forge nebo Fabric), díky kterému je lze spustit.
Veškeré modifikace hry jsou v současné době v tzv. šedé zóně – Mojang povolil jejich používání ve své hře, ale nesmí být žádným způsobem zpoplatněné.
Všechny jsou k dispozici zdarma, pro přehlednost se stahují z velkých modových bank (např. CurseForge.com).
Dále se do Minecraftu dají přidat tzv. resource packy (zdrojové balíčky), které mění vzhled bloků a věcí, písma, zvuky, ale třeba i jazyky.