Ve hře jsou tři základní dimenze: Overworld, Nether a End. Jednotlivé dimenze jsou propojeny portály,
přičemž struktura každého z nich je závislá na tom, jaké dimenze propojuje.
Overworld je dimenze, ve které se hráč objeví na začátku hry. Existuje od vydání první verze Minecraftu.
Od verze Beta 1.0 je spodní část mapy ohraničena podložím, které lze zničit pouze v módu tvořivé hry.
Volně se zde pohybují zvířata, v temných částech světa se mohou objevit i stvoření. Je velký 59 999 968×59 999 968×384 bloků,
které i ve hře jsou přepočteny na metry v poměru 1:1.
Generují se zde struktury jako líhně, chrámy, opuštěné doly, trhliny, jeskyně, jezera, řeky, pevnosti, vesnice apod.
Obsahuje velké množství biomů, jejich variací a několik technických biomů. Mezi biomy patří například lesy, pouště, džungle, bažiny, nížiny, oceány a mnoho dalších.
Nether je dimenze, do které se lze dostat pomocí portálu, který se vyrábí z obsidiánu.
Nether má oproti běžnému světu výšku 128 bloků a délka je 8krát menší – 1 blok v Netheru je stejná vzdálenost jako 8 bloků v normálním světě.
Nether tvoří zejména netherová suť a láva. Podložím je dimenze ohraničena zdola i shora. Nachází se zde z většiny nepřátelská stvoření.
V Netheru se nachází pevnosti, bašty, fosilie a poničené portály.
Nether byl přidán ve verzi Alpha 1.2.0 (Halloween Update), podstatně byl vylepšen ve verzích 1.0.0 (Adventure Update) a 1.16 (Nether Update).
End je poslední dimenze, do které se hráč má šanci dostat po doplnění endových očí do portálu v pevnosti.
Při prvním vstupu se na hlavním ostrově objeví nepřátelský drak z Endu, který se regeneruje pomocí endových krystalů.
Po zabití draka hráč obdrží zkušenosti a aktivuje se portál vedoucí zpět do světa, na kterém se objeví dračí vejce.
Po vstupu do portálu se zobrazí závěrečné titulky. Zároveň se v Endu vytvoří portály vedoucí na „vnější ostrovy“ v Endu,
do kterých se lze dostat pouze pomocí endové perly. Pro End je typické velké množství endermanů a enderitu, materiálu, ze kterého jsou tvořeny všechny létající ostrovy.