Příběh
1. dějství
Muzikál začíná shrnutím prvních let života Alexandera Hamiltona jako sirotka žijícího na ostrově Nevis.
Poté, co v roce 1776 přijíždí Hamilton do New Yorku, setkává se s Aaronem Burrem, Johnem Laurensem, markýzem de Lafayettem a Herculem Mulliganem a ohromuje je svými řečnickými schopnostmi.
Jeden druhému stvrzují své cíle v chystané revoluci.
Představují se sestry Schulyerovy Angelica, Eliza a Peggy, posléze Král Jiří, který trvá na svých pravomocech.
V průběhu válečného tažení v New Yorku a New Jersey opouští Hamilton vedení v poli a přijímá pozici pobočníka George Washingtona.
Hamilton se žení s Elizou Schulyer, zatímco její sestra Angelica kvůli jejich štěstí své city k Hamiltonovi potlačuje.
Burr reaguje na Hamiltonovy rychlé pokroky, zatímco uvažuje nad svou vlastní kariérou i svým opatrnějším postupem.
Generál Charles Lee je po svém útoku na osobu George Washingtona vyzván na souboj Johnem Laurensem, po jehož boku stojí Hamilton (Leeovi sekunduje Burr).
Laurens generála zraní a Lee ustupuje.
Hamilton je kvůli duelu Washingtonem dočasně zbaven svých pravomocí.
Eliza oznamuje, že čeká dítě, a žádá Hamiltona, aby zpomalil a pečoval o jejich životy.
Lafayette přesvědčí Francii, aby se přidala na stranu kolonistů a naléhá na Washingtona, aby povolal Hamiltona na pomoc při plánování závěrečného obléhání Yorktownu; Washington souhlasí.
Hamiltonovi je přesvědčený, že by měl zemřít mučednickou smrtí jako hrdina, avšak Washington ho varuje, aby byl ve svých činech opatrný, protože všechno co udělá bude v budoucnu posuzováno.
Hamilton souhlasí a vzdává se snahy zemřít v boji, protože už má pro co žít (jeho žena Eliza a ještě nenarozený syn).
Při obléhání Yorktownu se Hamilton setkává s Lafayettem a společně se chystají porazili Brity.
Odhaluje, že Mulligan byl v britské armádě naverbovaný jako špeh, aby pomohl vymyslet plán, jak polapit Brity do pasti a válku vyhrát.
Brzy po vítězství u Yourktownu se Hamilton raduje z narození syna Phillipa, zatímco Burr má dceru Theodosii.
Hamiltonův přítel Laurens byl zabit ve zdánlivě nesmyslné bitvě, Hamilton se vrhá plně do práce.
Podílí se na tvorbě Federálních listů a je vybrán nově zvoleným prezidentem Washingtonem jako ministr financí.
Angelica se se svým novým manželem stěhuje do Londýna.
2. dějství
Na začátku druhého jednání se Thomas Jefferson (po svém působení jak francouzský velvyslanec) vrací do Ameriky.
Při setkání Kabinetu v roce 1789 diskutují Jefferson s Hamiltonem výhody Hamiltonových finančních plánů - Washington si bere Hamiltona stranou a žádá o kompromis, kterým zvítězí nad Kongresem.
Eliza se společně s Angelicou a svou rodinou chystá strávit léto na venkově, zatímco Hamilton zůstává doma a pracuje na kompromisu, který slíbil Washingtonovi.
Milostný poměr s Mariou Reynolds, do něhož se zaplete, jej činí zranitelným vůči vydírání Mariina manžela.
Hamilton, Jefferson a James Madison se u soukromé večeře shodují na kompromisu (výměna Hamiltonova finančního plánu za umístění trvalého hlavního města na řeku Potomac).
Burr závidí Hamiltonovi jeho začlenění se do vlády a přeje si mít stejnou moc.
Při dalším setkání Kabinetu dochází k hádce mezi Jeffersonem a Hamiltonem, zdali mají Spojené státy přispět svou pomocí Francii v konfliktu s Británií.
Toto rozhodnutí nenáleží Kongresu, a Washington nakonec souhlasí s Hamiltonovými argumenty o zachování neutrality.
V důsledku toho rozhodnutí se Jefferson, Madison a Burr rozhodují spojit síly a najít způsob, jak Hamiltona poškodit a postavit mimo Washingtonovu přízeň.
Washington se rozhodne opustit svou pozici prezidenta a Hamilton mu asistuje při psaní závěrečného dopisu na rozloučenou.
Novým prezidentem se stává John Adams, který zbavuje Hamiltona funkce.
V odpověď na to vydává Hamilton na nového prezidenta ohnivou kritiku.
Tváří v tvář obviněním ze spekulace o vládních prostředcích (ze strany Jeffersona, Madisona a Burra) a ze strachu, že by jeho milostný poměr mohl být použit v jeho politické kariéře proti němu, rozhoduje se Hamilton aféru s Marii Reynoldsovou sám zveřejnit, čímž ničí svůj vztah s Elizou.
Jejich syn Phillip se snaží bránit svého otce před kritikou vyslovenou Georgem Eackerem a ve věku 19 let v duelu umírá.
Ve světle hrozné události se Hamilton a Eliza opět smiřují.
Hamiltonova podpora Thomase Jeffersona v prezidentských volbách v roce 1800 vede k vyostření nepřátelství mezi Hamiltonem a Burrem.
Burr nakonec skrze dopisní korespondenci vyzývá Hamiltona na souboj.
Během duelu na sebe oba protivníci vystřelí, avšak zatímco Hamilton záměrně svou ránu odkloní, Burr míří přesně a Hamiltona zasáhne.
Ten na následky svých zraněních umírá, s Elizou a Angelicou po svém boku.
Burr naříká, neboť přestože přežil, bude už navždy zatracován jako padouch, který zabil Alexandera Hamiltona.
V závěru muzikálu se všichni vrací, aby předali slovo Elize, která vypráví o svém dalším životě, o odkazu Alexandera Hamiltona, o odkazu každého člověka.